2009 rok był kolejnym z rzędu, który upłynął pod znakiem wygaszania umów patronackich. Ostatniego dnia tego roku wygasło ich 23. W dalszym ciągu w ramach sieci Lotosu działają 62 stacje. "Zgodnie z przyjętą strategią Spółki, następuje przechodzenie wybranych stacji patronackich do systemu Partnerstwa Handlowego "Rodzina Lotos". Pozostałe stacje funkcjonować będą w formie "patronatu" do czasu zakończenia umowy lub jej rozwiązania i przejścia do kanału dystrybucji B2B." – czytamy w sprawozdaniu zarządu z działalności za 2009 rok.
W 2009 r. oddano do użytku własne stacje paliw w Rawiczu, Nowej Soli, Kołbaskowie, Słupcy, Wieliczce, Rzepinie. W tym samym czasie wyłączono z sieci stację w Bielsku Białej. 2010 rok Lotos rozpoczął z liczbą 144 stacji będących własnością Lotos Paliwa.
Program partnerstwa handlowego "Rodzina Lotos" powiększył się o natomiast o 21 stacji. Na dzień 1 stycznia 2010 w ramach sieci Lotos działało 98 stacji partnerskich.
W dniu 1 marca 2009 r. rozpoczęła się II edycja programu lojalnościowego Navigator. Spółka realizuje również inwestycje związane z budową stacji przy autostradach w ramach tzw. Miejsc Obsługi Podróżnych (MOP). W styczniu i lutym 2010 r. uruchomiono parę MOP Rachowice/Kozłów zlokalizowaną przy autostradzie A4 koło Gliwic oraz parę MOP Police/Łęka (przy A2). Na obu parach MOP oprócz stacji Lotos, kierowcy będą mogli korzystać z restauracji McDonald’s, a na stacji w Policach – z usług hotelu działającego pod marką Start.
Grupa Lotos miała 900,76 mln zł skonsolidowanego zysku netto przypisanego akcjonariuszom jednostki dominującej w 2009 roku wobec 453,55 mln zł straty rok wcześniej. Zysk operacyjny na poziomie grupy wyniósł 419,79 mln zł wobec 145,83 mln zł straty rok wcześniej. Skonsolidowane przychody wyniosły 14321,04 mln zł wobec 16294,74 mln zł rok wcześniej.
