Kolejnymi jednostki, które najczęściej kontrolowała Służba Celna były: składy podatkowe , bazy 217 kontroli w 2008 r. i 208 kontroli w roku kolejnym. Na trzecim miejscu najchętniej kontrolowanymi były jednostki dokonujące odsprzedaży – 314 kontroli, zarejestrowani handlowcy 121 kontroli, producenci biokomponentów 33 kontrole, zaś najrzadziej kontrolowane były rafinerie, bo jedyne 10 razy przez okres dwóch lat. W roku 2008 skontrolowano łącznie 681 jednostek zajmujących się obrotem produktami naftowymi, a w 2009 roku 654 takie podmioty.
Ujawniana przez funkcjonariuszy celnych nielegalna działalność w sektorze paliwowym to przede wszystkim:
1. Wykorzystywanie do celów napędowych paliw zwolnionych od akcyzy ze względu na przeznaczenie ich do celów opałowych lub żeglugowych,
2. Wykorzystywanie gazu płynnego zwolnionego z podatku akcyzowego (ze względu na przeznaczenie do celów opałowych) jako paliwa do silników samochodowych,
3. Nielegalne dostawy wewnątrzwspólnotowe oleju napędowego oraz gazu LPG,
4. Wykorzystywanie różnic w stawkach podatku akcyzowego na paliwach w różnych państwach UE (w szczególności z zastosowaniem fikcyjnych tranzytów, wywozów lub powrotnych przywozów, a także wykorzystanie oleju smarowego jako komponentu do produkcji paliw – np. fikcyjne wytwarzanie w składach podatkowych olejów smarowych o przeznaczeniu budowlanym z olejów napędowych oraz bazowych).
