Zgodnie z zasadami systemu, kiedy pojazd porusza się po płatnych drogach, urządzenie viaBOX – przypisane do konkretnej karty Flota – automatycznie nalicza opłaty. Dwa razy w miesiącu kwoty te są sumowane i trafiają na fakturę zbiorczą użytkownika. Aby skorzystać z systemu należy skontaktować się ze swoim opiekunem klienta lub infolinią Programu Flota (0801 235 682).
System viaTOLL obowiązuje aktualnie wszystkie samochody o dopuszczalnej masie całkowitej powyżej 3,5t. Wielu przewoźników dokonało dotychczas rejestracji w systemie viaTOLL metodą pre-paid, czyli przedpłaty. Polega ona na wpłacie kaucji i doładowaniu urządzenia viaBOX w jednym z punktów dystrybucyjnych viaTOLL na terenie kraju.
Obsługa konta przedpłaconego wymaga jednak od firmy dużej dyscypliny związanej z koniecznością doładowywania "na czas" swojego konta w systemie viaTOLL. Z tego powodu coraz więcej przewoźników decyduje się na zmianę metody rozliczeń na płatność odroczoną.